Περικόπτονται οι θρησκειολογικές αναφορές στα νυν προγράμματα σπουδών των Θρησκευτικών, ωστόσο τα προγράμματα δεν αποκαθηλώνονται.
Αυτός είναι ο βασικός σχεδιασμός του υπουργείου Παιδείας για τις αλλαγές που θα γίνουν στο κρίσιμο μάθημα, καθώς πλέον το υπουργείο οφείλει να εναρμονισθεί με την απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας, που έκρινε αντισυνταγματικά τα νυν προγράμματα σπουδών των Θρησκευτικών.
Επίσης, αποφάσεις υπέρ της αναιτιολόγητης απαλλαγής από το μάθημα έχουν εκδώσει το ΣτΕ, το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Δικαιωμάτων του Ανθρώπου και η ελληνική Αρχή Προστασίας Προσωπικών Δεδομένων. Στο πλαίσιο αυτό, οι απαλλαγές των μαθητών από το μάθημα θα είναι πλέον αναιτιολόγητες.
Ειδικότερα, με εντολή της υπουργού Παιδείας, Νίκης Κεραμέως, συστάθηκε στο Ινστιτούτο Εκπαιδευτικής Πολιτικής επιτροπή επιστημόνων για τα ζητήματα που ανέκυψαν μετά τις αποφάσεις των δύο δικαστηρίων και της Αρχής. Σύμφωνα με πληροφορίες της «Κ», βασικός άξονας των αλλαγών θα είναι το ψαλίδισμα των αναφορών θρησκειολογικού χαρακτήρα που υπάρχουν στα νυν προγράμματα σπουδών.
Ουσιαστικά θα γίνουν προσαρμογές, ώστε το μάθημα να εναρμονισθεί με την απόφαση του ΣτΕ. Πρόκειται για τη βασική υπουργική γραμμή, η οποία συνάδει με τις θέσεις όσων πιστεύουν –μεταξύ αυτών και εκκλησιαστικοί παράγοντες– ότι το μάθημα δεν πρέπει να αποκτήσει ομολογιακό χαρακτήρα.
Παράλληλα, θα γίνουν περικοπές των θρησκειολογικών αναφορών από τους 11 φακέλους που έχουν δοθεί στους μαθητές των τάξεων ως προσωρινό έντυπο υλικό, πριν συγγραφούν νέα βιβλία.
Η διατήρηση των προγραμμάτων σπουδών προκρίθηκε και για τον επιπλέον λόγο ότι τα προγράμματα σπουδών δίνουν στους διδάσκοντες (δασκάλους στο δημοτικό και θεολόγους στη δευτεροβάθμια) την ελευθερία να προσαρμόσουν νέα στοιχεία.