Την εποχή εκείνη η Οθωμανική Αυτοκρατορία ταραζόταν από δύο αμφίρροπα ρεύματα. Εις μεν το εσωτερικό από την αποκληθείσα τότε «κίνηση των εθνικοτήτων» χριστιανών και μουσουλμάνων που βεβαίως την πνευματική, οικονομική αλλά και αριθμητική υπεροχή των μουσουλμάνων ωθούσε ο νεοτουρκικός σωβινισμός.

 Εις δε το εξωτερικό διαγραφόταν πράγματι μια απειλή κυοφορούμενης «σταυροφορίας» των χριστιανικών Χωρών πρώτιστα της Βαλκανικής κατά της Αυτοκρατορίας. Πράγματι στον αγώνα δρόμου των παραπάνω κινήσεων η δεύτερη πρόλαβε τη κατίσχυση της κίνησης των κινήματος των εθνικοτήτων στην οποία πολλοί εκλεκτοί Έλληνες μεταξύ των οποίων και ο Χρύσανθος αλλά βεβαίως και αλλοεθνείς συνδέθηκαν με το συναρπαστικώτερο ίσως όραμα μιας βαθμιαίας αναμόρφωσης της φθίνουσας Αυτοκρατορίας σε μια φιλελεύθερη ισονομούμενη κυρίαρχη πολιτεία σε νεοβυζαντινά ίχνη. Για το όραμα αυτό πολύ λίγα έγιναν γνωστά στον ελληνικό τύπο που όμως το εγνώριζαν πολύ καλύτερα ο Βασιλεύς Γεώργιος Α΄ των Ελλήνων καθώς και ο τότε διάδοχος του Σουλτάνου. Δυστυχώς όμως το είχαν πληροφορηθεί και οι Άγγλοι.

Αμέσως μετά τη λήξη του πολέμου με την Βουλγαρία ο Χρύσανθος βρίσκεται ν΄ αγωνίζεται απεγνωσμένα στην ιδιαίτερη πατρίδα του προκειμένου να καταφέρει να ενώσει Έλληνες και Τούρκους στο αίτημα της αυτονόμησης της Δυτικής Θράκης προκειμένου να προλάβει την ενσφήνωση της Βουλγαρίας στη περιοχή μεταξύ της Ελλάδος και Τουρκίας. Την ίδια όμως εποχή τον Μάρτιο του 1913 ο μητροπολίτης Τραπεζούντας μετατέθηκε στη Κύζικο και οι Τραπεζούντιοι αξίωσαν τον Χρύσανθο ως νέο μητροπολίτη τους. Έτσι το ίδιο έτος 1913, ο Χρύσανθος εξελέγη μητροπολίτης στην Τραπεζούντα της τότε Οθωμανικής Αυτοκρατορίας.

Περίοδος 1913-1922

Όμως η δεκαετία που ακολούθησε αλλοίωσε σε μεγάλο βαθμό την όλη κατάσταση των πραγμάτων στη Μέση Ανατολή. Οι ιστορικοί εκείνοι πόλεμοι που ομολογουμένως διπλασίασαν την έκταση της Ελλάδας μείωσαν αντίστοιχα τη βαρύτητα του Ελληνισμού στην Ανατολή. Οι Νεότουρκοι, αποδεδειγμένα ιστορικά, παροτρυνόμενοι και επικουρούμενοι κυρίως από τους Γερμανούς άρχισαν να παρασκευάζουν τους απάνθρωπους διωγμούς κατά του γηγενή από χιλιετηρίδων ελληνικού στοιχείου. Το 1914άρχισαν οι ομαδικές εκτοπίσεις από τη Θράκη και από τις άλλοτε Ιωνικές και Αιολικές ακτές της Μικράς Ασίας που άρχισαν όμως γρήγορα να επεκτείνονται και προς την Ανατολή. Ως «μέγας άθλος» καταλογίστηκε τότε για τον Χρύσανθο που με όπλα του τα πνευματικά του χαρίσματα, τη πειθώ του λόγου του και την προσωπική του παρουσία συγκράτησε στα σύνορα της μητροπολιτικής του επαρχίας τη πορεία του κύματος των διωγμών αγωνιζόμενος κατά τις παλινδρομικές φάσεις ανακαταλήψεων στο τετραετή πόλεμο Ρώσων και Τούρκων με χωρίς σχεδόν ελληνικές απώλειες. Τον Απρίλιο του 1916 ανέλαβε τη διοίκηση της Τραπεζούντας από τον Τούρκο βαλή Μεχμέτ Τζεμάλ Αζμή μπέη. Από τη θέση αυτή κατάφερε να επεκτείνει αποτελεσματικά τη προστασία του και προς τους Έλληνες των γειτονικών περιοχών Ροδόπολης και Χαλδείας. Μάλιστα κατάφερε να συνενώσει τους Τούρκους με τους Έλληνες αλλά και με τα κατάλοιπα της φρικτής σφαγής των Αρμενίων κατά της ρωσικής λαίλαπας από τα σταθμεύοντα στη περιοχή ρωσικά στρατεύματα, κατά την ρωσική επανάσταση του Μαρτίου του 1917 που σε πλήρη διάλυση της πειθαρχίας είχαν αρχίσει τις καταστροφές. Ήταν και αυτό μια εκδήλωση του μυστικού οράματος της ιδέας διακυβέρνησης και συμβίωσης των σύνοικων λαών. Η δίχρονη προεδρία του Χρύσανθου υπήρξε ένα αληθινό διάλειμμα δημοκρατίας και αρμονικής συμβίωσης χριστιανών και μουσουλμάνων. Έτσι στη περίοδο της ανακωχής, κατά τη Συνθήκη του Μούδρου, η μορφή του Χρύσανθου δεσπόζει στη περιοχή του Πόντου και αποτελεί την εγκυρότερη και δημοφιλέστερη προσωπικότητα μεταξύ ομογενών και αλλογενών που του αναγνωρίζουν και οι «Μεγάλες Δυνάμεις» της Αντάντ.

Έτσι κάτω από αυτές τις συνθήκες αναγνώρισής του, το 1919 ο Χρύσανθος κλήθηκε από τον τότε τοποτηρητή του Οικουμενικού Θρόνου Δωροθέου (Μητροπολίτη Προύσας) και από τον Αλέξανδρο Παπά να εκπροσωπήσει τον Ελληνισμό του Πόντου στο Παρίσι κατά τις εκεί διασκέψεις. Από τις επιστολές, του τότε υπουργού εξωτερικών Ν. Πολίτη, έγγραφα  και πρακτικά του Οικουμενικού Πατριαρχείου αλλά και από δημοσιεύματα του Τύπου (ελληνικού και ξένου) της εποχής διαφαίνονται οι ενθουσιαστικές απηχήσεις επί των επιδέξιων χειρισμών των εμπιστευμένων στο Χρύσανθο θεμάτων ενώπιον των «Μεγάλων». Τότε ο Ελευθέριος Βενιζέλος τον εξουσιοδότησε να προχωρήσει σε διακρίβωση δυνατοτήτων για απ΄ ευθείας συνεννοήσεις με τους Τούρκους. Ακολούθησαν πολλές και ενθαρρυντικές επαφές, πλην όμως ο Βενιζέλος προτίμησε να μη δώσει συνέχεια όταν διαγνώσθηκε ότι «…οι διεκδικήσεις επί της Θράκης και της Δυτικής Μακεδονίας εύρισκαν διπλωματική κατευόδωση».

Το 1920 ο Χρύσανθος ταξίδεψε στη Γεωργία η οποία μετά τη ρωσική επανάσταση είχε ημιαυτονομηθεί, προκειμένου να τακτοποιήσει εκκλησιαστικά ζητήματα ορθοδοξίας που είχαν ενσκήψει. Στη πραγματικότητα, ο κύριος σκοπός του Χρύσανθου στο ταξίδι του εκείνο ήταν η χάραξη ορίων μεταξύ του νεοπαγούς κράτους της Γεωργίας και της σχεδιαζομένης αυτονόμησης του Πόντου. Και πράγματι αυτό συντελέσθηκε με την υπογραφή της διμερούς μυστικής συμφωνίας Χρύσανθου – Χατισιάν (Αρμένιου πρωθυπουργού Γεωργίας), λεγόμενη και Συμφωνία Εριβάν από το όνομα της πόλης που συνομολογήθηκε. Το 1921 ο Δημήτριος Γούναρης κάλεσε τον Χρύσανθο να μετάσχει της ελληνικής αποστολής στο Λονδίνο. Κατά τον χρόνο της παραμονής του Χρύσανθου στο Λονδίνο στη Τουρκία ειδικό «Δικαστήριο της Ανεξαρτησίας» καταδικάζει ερήμην τον Μητροπολίτη Τραπεζούντας εις θάνατο.^[1] Αυτό είχε ως συνέπεια την εσπευσμένη επιστροφή του Χρύσανθου στην έδρα του και στη συνέχεια προκειμένου ν΄ αποφύγει τη σύλληψή του από τις κεμαλικές δυνάμεις που είχαν ήδη εγκατασταθεί στη μητροπολιτική περιφέρειά του κατέφυγε στο Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης. Μετά όμως και από το άδοξο τέλος της Μικρασιατικής εκστρατείας, το 1922, ο Χρύσανθος κατέφυγε τελικά στην Αθήνα.

Περίοδος 1922-1938

Από το 1922 ο «από Τραπεζούντος» (μητροπολίτης) Χρύσανθος βρίσκεται στην Αθήνα και παραμένει μακριά από τα τεκταινόμενα, ως απλός θεατής των γεγονότων χωρίς να λαμβάνει καμία θέση σ΄ αυτά. Το 1926 διορίζεται από την τότε κυβέρνηση ως “αποκρισάριος” του Οικουμενικού Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεωςστην Αθήνα, θέση που θα διατηρήσει μέχρι το 1938. Από τη θέση αυτή ο Χρύσανθος στην αρχή διαχειρίσθηκε όλα τα των εξωτερικών θεμάτων και σχέσεων της Μεγάλης Εκκλησίας. Το 1927 ανέλαβε και έφερε σε πέρας τη πρώτη εκκλησιαστική συμφωνία με τα Τίρανα τακτοποιώντας τα πρώτα θέματα της Ορθόδοξης Εκκλησίας στην Αλβανία. Όταν όμως λίγο αργότερα η κυβέρνηση των Τιράνων αθέτησε τα συμφωνημένα, το 1929, αμέσως ο Χρύσανθος επιχείρησε ένα μακρύ ταξίδι στο Βουκουρέστι, στο Βελιγράδι και στη Βαρσοβία προκειμένου να ενημερώσει και να κατατοπίσει τις Εκκλησίες των Χωρών αυτών περί της αθέτησης της Αλβανίας και να συστήσει επιφύλαξη και αποχή από αντικανονικές επαφές. Συνέπεια εκείνου του ταξιδίου ήταν η μετέπειτα εκδήλωση συμμόρφωσης της Αλβανίας στα συμφωνηθέντα θρησκευτικά θέματα. Το 1930 ο Χρύσανθος προήδρευσε στο Άγιο Όρος ως εκπρόσωπος του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως του τότε Πανορθόδοξου Συνεδρίου το οποίο και καθόρισε τα της ημερήσιας διάταξης θεμάτων της Πανορθόδοξης Συνόδου που όμως δεν συγκλήθηκε ποτέ. Τον ίδιο χρόνο ο Χρύσανθος συνεπικουρούμενος και από αντιπροσωπείες των Πατριαρχείων Ιεροσολύμων και Αλεξανδρείας κατάφερε σε ταξίδι του στη Δαμασκό ν΄ αποκαταστήσει την ειρήνη στο Πατριαρχείο Αντιοχείας (Εκκλησία Αντιοχείας) με την αναγνώριση του Πατριάρχη Αντιοχείας Αλέξανδρου. Τον επόμενο χρόνο ο Χρύσανθος έσπευσε για τον αυτό σκοπό στη Ρόδο για την αποκατάσταση της θρησκευτικής ειρήνης της Δωδεκανησιακής Εκκλησίας και αμέσως μετά βρέθηκε στη Κύπρο, όταν εκδηλώθηκε το αγγλικό πραξικόπημα του 1931.

Για τον Χρύσανθο θεωρείται πως καμία περιοχή εκκλησιαστική, τόσο εξω-ελλαδική όσο και εσω-ελλαδική, δεν έμεινε έξω από το θρησκευτικό του ενδιαφέρον, προσφέροντας κάθε φορά τη μέριμνα και τη στοργή του. Όταν τέλος ανέλαβε Πρόεδρος του Συμβουλίου του Ταμείου Ανταλλαξίμων Κοινοτικών και Κοινωφελών Περιουσιών (Τ.Α.Κ.Κ.Π.) από της σύστασής του, πέτυχε με υποδειγματική διαχείριση των προσόδων αυτού να θεραπεύσει τις στοιχειώδεις πνευματικές ανάγκες των νεοπαγών προσφυγικών κοινοτήτων με επικουρική χρηματοδότηση των ανεγειρομένων σχολείων και ναών και του εφοδιασμού τους με βιβλία, ιερά σκεύη, εικόνες άμφια κ.λπ. αντίστοιχα. Ειδικά γι΄ αυτή τη μεγάλη προσφορά του Χρύσανθου ο Ανδρέας Μιχαλακόπουλος είχε πει χαρακτηριστικά:

Δεν γνωρίζω παράδειγμα αποστολής εκ των πολλών αίτινες τω ανετέθησαν, την οποίαν να μην έφερε εις πέρας μετ΄ επιτυχίας.

Το 1937 αναγορεύτηκε επίτιμος διδάκτωρ του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Αρχιεπίσκοπος Αθηνών 1938-1941

Μετά το θάνατο του Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου, (22 Οκτωβρίου 1938) ο «από Τραπεζούντος» Χρύσανθος εκλέχθηκε να διεκδικεί στη Σύνοδο της Ιεραρχίας της Εκκλησίας της Ελλάδος τη θέση του Προκαθημένου έχοντας ως αντίπαλο τον Μητροπολίτη Κορινθίας Δαμασκηνό (μετέπειτα Αρχιεπίσκοπο Δαμασκηνό), ιεράρχη με έντονη κοινωνική δραστηριότητα. Έτσι στις 5 Νοεμβρίουτου 1938 εκλέχθηκε μετά από τρίτη ψηφοφορία ο Κορινθίας Δαμασκηνός με οριακή εκλογή λαμβάνοντας 31 ψήφους έναντι 30 του Χρυσάνθου. Ο Δαμασκηνός εκλέγεται τελικά Αρχιεπίσκοπος με 31 ψήφους έναντι 30 του Χρυσάνθου στις 5 Νοεμβρίου 1938. Ακολουθεί η τελετή του Μεγάλου Μηνύματος και ξεκινούν οι προετοιμασίες για την ενθρόνιση. Το μεταξικό καθεστώς, θεωρώντας τον Δαμασκηνό οπαδό του βενιζελισμού και ως εκ τούτου ανεπιθύμητο για την ανάληψη της διοίκησης της Εκκλησίας,προτρέπει μία ομάδα ιεραρχών, με επικεφαλής το Μητροπολίτη Φθιώτιδος Αμβρόσιο, να καταθέσουν προσφυγή για ακύρωση της εκλογής Δαμασκηνού στο Συμβούλιο της Επικρατείας(Σ.τ.Ε.) με αιτιολογία τη συμμετοχή στους εκλέκτορες του Μητροπολίτη Δρυινουπόλεως Ιωάννη, ο οποίος είχε καταδικαστεί για σιμωνία από το Συνοδικό Δικαστήριο πρωτοδίκως σε έκπτωση από το αξίωμά του, συμμετείχε όμως της εκλογής, λόγω της αποδοχής της έφεσής του κατά της καταδικαστικής απόφασης.

Το Σ.τ.Ε., υπό την ισχυρή επιρροή της τότε δικτατορικής κυβέρνησης, αποφάσισε οριακά, με 8 έναντι 7 ψήφων, την αποδοχή της προσφυγής των ιεραρχών και ακύρωσε την εκλογή Δαμασκηνού παρά την ένσταση άλλων 32 Μητροπολιτών.Μετά την απόφαση αυτή το καθεστώς δημοσιεύει τον ειδικό αναγκαστικό νόμο 1493 της 3 Δεκεμβρίου 1938 διορίζοντας «Αριστίνδην Σύνοδο» (σύνοδο της οποίας τα μέλη έχουν επιλεγεί αυθαίρετα από την κυβέρνηση) όπου και αναδείχθηκαν τελικά τρεις υποψήφιοι: ο από Τραπεζούντος Χρύσανθος με 11 ψήφους και οι μητροπολίτες Λήμνου και Δράμας από 4 έκαστος. Ακολούθως και σύμφωνα λοιπόν με τα οριζόμενα του παλαιού νόμου, ο – ευρισκόμενος στο Λονδίνο – Βασιλεύς Γεώργιος Β΄ εξέλεξε τον Χρύσανθο Αρχιεπίσκοπο Αθηνών, μετά από τηλεγράφημα του Μεταξά που του υποδείκνυε τον Χρύσανθο.

Ο Δαμασκηνός περιορίζεται, φρουρούμενος από την Χωροφυλακή, στην Ι. Μονή Φανερωμένης στη Σαλαμίνα όπου παραμένει καθ’ όλη τη διάρκεια της διακυβέρνησης Μεταξά και του ελληνοϊταλικού πολέμου.

Ο Χρύσανθος αποτελούσε προσωπική επιλογή του Μεταξά. Έτσι προκρίθηκε έναντι του Δαμασκηνού, ο οποίος ήταν γνωστός για τα δημοκρατικά του φρονήματα. Σκοπός του Μεταξά ήταν ο απόλυτος έλεγχος της Ελλαδικής Εκκλησίας μέσω της αρχιεπισκοπικής εκλογής.

Το 1939 εξελέγη μέλος της Ακαδημίας Αθηνών.Με την εμπλοκή της Ελλάδας στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, ο Αρχιεπίσκοπος Χρύσανθος ανέπτυξε έντονη εθνική δράση, εμψυχώνοντας τον λαό και τον Στρατό της χώρας. Όταν η Ελλάδα έπεσε στα χέρια του Άξονα το 1941, ο Αρχιεπίσκοπος Χρύσανθος αρνήθηκε να ορκίσει τη δωσίλογη κυβέρνηση του Γεωργίου Τσολάκογλου λέγοντας χαρακτηριστικά: «Δεν μπορώ να ορκίσω Κυβέρνηση προβληθείσα από τον εχθρό, εμείς γνωρίζουμε ότι τις Κυβερνήσεις τις ορίζει ο λαός ή ο Βασιλεύς».

Η τοποθέτηση του Χρύσανθου έναντι της πρώτης κατοχικής κυβέρνησης ήταν σαφής: αρνείτο να προχωρήσει στην πολιτική νομιμοποίησή της, παραμένοντας πιστός στον βασιλιά και την κυβέρνησή του που συνέχιζαν την πολεμική προσπάθεια στην Κρήτη, όσο και στις συμμαχικές δεσμεύσεις της χώρας με τη Βρετανία. Ο Χρύσανθος είχε προκαλέσει την οργή των Γερμανών για το διάγγελμα που είχε εκφωνήσει με αφορμή την κήρυξη του πολέμου της Γερμανίας εναντίον της Ελλάδας. Ο Γερμανός καθηγητής του πανεπιστήμιου του Μονάχου, Franz Dölger, εξοργισμένος, ζήτησε εξηγήσεις για το διάγγελμα του Χρύσανθου από τον Πρόεδρο της Ακαδημίας Αθηνών Γεώργιου Σωτηρίου.Για την στάση του αυτή, στις 2 Ιουνίου του 1941, με Συντακτική Πράξη της κατοχικής κυβέρνησης, καθαιρέθηκε από το αξίωμά του. Η μεθόδευση της απομάκρυνσής του ενισχυόταν και από τον Δαμασκηνό ο οποίος ήταν πρόθυμος να παράσχει την συναίνεσή του στο σχηματισμό της κατοχικής κυβέρνησης κρίνοντάς το ως μέτρο ανάγκης.Επίσης η τότε κυβέρνηση τονίζοντας τον απολυταρχικό χαρακτήρα του  καθεστώτος της 4ης Αυγούστου, ήθελε να ταυτίσει τον Χρύσανθο με τη μεταξική διακυβέρνηση. Ο Χρύσανθος θα αντιδράσει χαρακτηρίζοντας την κυβέρνηση Τσολάκογλου εξίσου δικτατορική με την προκάτοχό της. Ο κατοχικός υπουργός της Εθνικής Οικονομίας Πλάτων Χατζημιχάλης, συνδεόταν φιλικά με τον Χρύσανθο και τον θεωρούσε νόμιμο Αρχιεπίσκοπο, ενώ πίστευε ότι η κυβέρνηση στην οποία συμμετείχε είχε υπηρεσιακό χαρακτήρα, επομένως ήταν αναρμόδια για την επίλυση του αρχιεπισκοπικού ζητήματος.Στις 17 Ιουνίου του 1941, η Κυβέρνηση Τσολάκογλου δημοσίευσε Νομοθετικό Διάταγμα για τη σύγκληση Μείζονος Συνόδου που θα αποφάσιζε για το κύρος της αρχιεπισκοπικής εκλογής του Χρύσανθου και «ουσιαστικά μεθοδευόταν […] η επαναφορά του Δαμασκηνού στην ηγεσία της Εκκλησίας».Η Σύνοδος θεώρησε, με απόφασή της, ως μη γενόμενη την εκλογή του Χρύσανθου και ανύπαρκτη την αρχιεπισκοπική του θητεία, ενώ χαρακτηριζόταν ΄΄επιβάτης΄΄ του θρόνου, δηλαδή παράνομα ευρισκόμενος στην ηγεσία της ελλαδικής Εκκλησίας.

1941-1944

Ο Χρύσανθος σε όλη τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής τήρησε την ίδια εχθρική στάση απέναντι σε όλες τις δοσιλογικές κυβερνήσεις, ακόμα και όταν του δόθηκε από την κυβέρνηση του Ιωάννη Ράλλη η δυνατότητα να επανέλθει στον αρχιεπισκοπικό θρόνο, κάτι που απέρριψε.Κατά την περίοδο του Εμφυλίου Πολέμου, τάχθηκε υπέρ της «δυναμικής αντιμετώπισης» των κομμουνιστών, όπως άλλωστε και οι διάδοχοί του στην ηγεσία της Εκκλησίας της Ελλάδος. Στη διάρκεια της κατοχής δε φαίνεται να ανέπτυξε ιδιαίτερη κινητικότητα. Μαρτυρείται ότι υπήρξε πρόεδρος της λεγόμενης «Εθνικής Αντίστασης» ή «Εθνικής Επιτροπής» , η οποία πρέπει να ήταν επιτροπή προσωπικοτήτων του βασιλόφρονος χώρου με μάλλον μικρή παρουσία στην πολιτική και ιδεολογική καθοδήγηση δεξιών αντιστασιακών οργανώσεων.

1941-1948

Μεταπελευθερωτικά οι ελληνικές κυβερνήσεις δεν προέβησαν στην ακύρωση των διαταγμάτων της Κυβέρνησης Τσολάκογλου με τα οποία είχε παυθεί ο Χρύσανθος. Για τις τότε κυβερνήσεις της Ελλάδας και της Μεγάλης Βρετανίας αλλά και τον Βασιλιά Γεώργιο η όποια αμφισβήτηση της ισχύος και του κύρους των νόμων της Κατοχής, με τους οποίους ανήλθε στον θρόνο ο Δαμασκηνός «θα έθετε αυτόματα υπό αίρεση και το αξίωμα του αντιβασιλέα, που κατείχε …»

Αν ο Χρύσανθος προσέφευγε στο Συμβούλιο της Επικρατείας είχε βάσιμες ελπίδες πως θα ακυρώνονταν τα νομοθετικά διατάγματα του Τσολάκογλου. Έτσι θα του ζητηθεί να μη διεκδικήσει επάνοδό του στον θρόνο και τελικά υπέβαλλε τυπικά και την παραίτησή του. Αφού πέθανε ο Δαμασκηνός και ένα μήνα πριν πεθάνει και ο ίδιος, ο Αρχιεπίσκοπος Σπυρίδων Βλάχος, τον αναγνώρισε κατ΄άκραν εκκλησιαστικήν οικονομίαν, ως τέως Αρχιεπίσκοπο Αθηνών, κυρίως για να τον ενισχύσει οικονομικά και να λαμβάνει την ανάλογη σύνταξη.Έφυγε απο τη ζωή το 1949 στην Αθήνα.