Το υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων ύστερα από συνεργασία που είχε με την Εκκλησία, φέρνει Νομοσχέδιο με το οποίο καταργεί τις Ανώτατες Εκκλησιαστικές Ακαδημίες που δημιουργήθηκαν με πολύ όρεξη και μεράκι από τον Μακαριστό Αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο.
Συγκεκριμένα, το σχέδιο νόμου, το οποίο βρίσκεται ήδη στα χέρια εκκλησιαστικών παραγόντων, προβλέπει την σταδιακή κατάργηση των Ανωτάτων Εκκλησιαστικών Ακαδημιών που ανήκουν στη δικαιοδοσία της Εκκλησίας της Ελλάδος, δηλαδή αυτές της Αθήνας, της Θεσσαλονίκης και της Βελλάς Ιωαννίνων. Η Εκκλησιαστική Ακαδημία της Κρήτης δεν συμπεριλαμβάνεται καθώς υπάγεται στο Οικουμενικό Πατριαρχείο και όπως διεμήνυσε στο Υπ. Παιδείας δεν θέλει την κατάργηση της και πολύ σωστά κάνει!
Άμεση θα είναι η κατάργηση της Ανωτάτης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Θεσσαλονίκης η οποία αρχικά θα υπαχθεί σε αυτή της Βελλάς Ιωαννίνων ,η οποία θα καταργηθεί εντός τριών ετών.
Η απόφαση αυτή, σύμφωνα με τις ίδιες πληροφορίες, πάρθηκε από το υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων με γνώμονα τις βάσεις για τους εισακτέους.
Ωστόσο, όπως επεσήμαναν κυβερνητικοί βουλευτές, η κυβέρνηση δεν είναι διατιθέμενη να βάλει λουκέτο στις Ακαδημίες αυτές αν δεν δώσει την τελική έγκριση και η Εκκλησία. Για να γίνει αυτό όμως, θα πρέπει το σχέδιο νόμου να κατατεθεί στην Διαρκή Ιερά Σύνοδο και μόνο αν περάσει κατά πλειοψηφία θα γίνει δεκτό και από το υπουργείο.
Σύμφωνα με το άρθρο 3 του Νόμου 3432/2006, οι τέσσερις Ανώτερες Εκκλησιαστικές Σχολές Αθηνών, Θεσσαλονίκης, Βελλάς Ιωαννίνων και Ηρακλείου Κρήτης καταρτίζουν στελέχη της Ορθόδοξης Εκκλησίας στην Ελλάδα, παρέχουν εκπαίδευση και χορηγούν πτυχία ισότιμα με εκείνα των Ιδρυμάτων της Ανώτατης Εκπαίδευσης και εποπτεύονται από το υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων, ενώ η εισαγωγή φοιτητών και φοιτητριών γίνεται μέσω πανελληνίων εξετάσεων.
Στις Ανώτατες Εκκλησιαστικές Ακαδημίες της Αθήνας και της Θεσσαλονίκης λειτουργούν δύο Προγράμματα Σπουδών διάρκειας 8 εξαμήνων: Το Πρόγραμμα Ιερατικών Σπουδών και το Πρόγραμμα Διαχείρισης Εκκλησιαστικών Κειμηλίων.
Σύμφωνα με το σχέδιο νόμου που προωθείται το Πρόγραμμα Διαχείρισης Εκκλησιαστικών Κειμηλίων θα υπαχθεί σε κάποιο από τα τμήματα του Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής.
Η Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία Βελλάς Ιωαννίνων περιλαμβάνει και αυτή δύο Προγράμματα Σπουδών: α) Πρόγραμμα Ιερατικών Σπουδών (με οκτώ εξάμηνα σπουδών), και β) Πρόγραμμα Εκκλησιαστικής Μουσικής και Ψαλτικής (με οκτώ εξάμηνα σπουδών).