Οι Πρόξενοι της Γαλλίας και των ΗΠΑ στη Σμύρνη, καθώς και ο Καθολικός Αρχιεπίσκοπος Σμύρνης του έχουν εξασφαλίσει θέση σε πλοίο της γραμμής και τον παροτρύνουν να τον συνοδεύσουν και να τον επιβιβάσουν οι ίδιοι με ασφάλεια στο πλοίο που βρίσκεται στην προκυμαία. Όμως ο Μητροπολίτης Σμύρνης Χρυσόστομος πεισματικώς αρνείται: «Η Παράδοσις του Ελληνικού Κλήρου αλλά και καθήκον του καλού Ποιμένος είναι να παραμείνει με το ποίμνιόν του» τους απαντά, όπως σημειώνεται στο βιβλίο του Δημοσιογράφου και πρώην Αναπληρωτή Υπουργού Εξωτερικών σε κυβερνήσεις του Ανδρέα Παναδρέου Γιάννη Π. Καψή «Χαμένες Πατρίδες» (εκδόσεις «Νέα Σύνορα-Λιβάνη»).
Κυριολεκτικώς, μέχρι την τελευταία στιγμή, ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος αγωνίζεται να πετύχει προστασία του ποιμνίου του, ντόπιους και πρόσφυγες από όλη τη Μικρά Ασία, που έχει συρρεύσει κατά χιλιάδες στη Σμύρνη, από τους – κατ’ όνομα – «Συμμάχους».
Στο πλαίσιο αυτής της προσπάθειας διαθέτει την αυλή της Μητροπόλεως της Αγίας Φωτεινής για τη στέγασή τους, διανέμει συσσίτιο, κλινοσκεπάσματα, φάρμακα. Προσπαθεί να τους εμψυχώσει εξηγώντας τους από του Άμβωνος της Μητροπόλεως περικοπές της Μεγάλης Εβδομάδος, της Εβδομάδος των Παθών για τη Σμύρνη και για τους ίδιους. Την ώρα εκείνη της θλίψεως και της καταστροφής, τα λόγια του αποτελούν ένα βάλσαμο στις πονεμένες και απελπισμένες ψυχές του ποιμνίου του.
Τελικώς, συλλαμβάνεται και οδηγείται στον Νουρεντίν Πασά, ο οποίος τον μισεί και θέλει όχι απλά να τον σκοτώσει, αυτό θα ήταν «εύκολο και λυτρωτικό», αλλά ιδίως να τον ταπεινώσει! Για τον λόγο αυτό, περνάει τον σεβάσμιο Μητροπολίτη από παρωδία «δίκης», με λαϊκούς «δικαστές» από τον τουρκικό όχλο, οι οποίοι τον προπηλακίζουν μέσα στην αίθουσα του «Δικαστηρίου»!
Καταδικάζεται σε θάνατο, όμως ο Εθνομάρτυρας Χρυσόστομος δεν πτοείται, έχοντας μια «θεϊκή γαλήνη στο πρόσωπό του». Σύρεται στο προαύλιο του Φρουραρχείου, από τον ίδιο τον Νουρεντίν Πασά και παραδίδεται στον αφιονισμένο τουρκικό όχλο.
«Η ορδή των φονιάδων ορμά, δεν έχουν όπλα – θα ήταν πολύ ευσπλαχνικός ο θάνατος. Με τα χέρια τους, με πέτρες και ξύλα κτυπούν το Χρυσόστομο. Του ξεριζώνουν αλαλάζοντας με μανία, τα κατάλευκα γένια του. Το αίμα τρέχει άφθονο. Ένας βαστάζος με το μαχαίρι του βγάζει το ένα μάτι. Μέσα σε λίγα λεπτά ο Χρυσόστομος έχει τυφλωθεί . Τα μαλλιά και τα γένια του έχουν ξεριζωθεί, το πρόσωπό του είναι μία τεράστια πληγή – τον έχουν γδάρει κυριολεκτικά. Δεν βαδίζει πλέον τον σέρνουν … κι όμως δεν παραπονείται, δεν ικετεύει, δεν λυγίζει στον Τούρκο. Μόνο την τελευταία στιγμή, την ώρα που σωριάζεται αφήνοντας την τελευταία πνοή του αναφωνεί ‘Θεέ μου’. Ο Χρυσόστομος είναι νεκρός αλλά το μαρτυρικό τέλος του τον μεταβάλει σε αθάνατο» σημειώνει ο Καψής σε άλλο σημείο του προαναφερθέντος βιβλίου του, περιγράφοντας τον μαρτυρικό του θάνατο από τον Τουρκικό όχλο!
Στις 4 Νοεμβρίου 1992, ο Χρυσόστομος Σμύρνης κατατάχθηκε στους Αγίους της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας της Ελλάδος και η Μνήμη του τιμάται την Κυριακή προ της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού.
Στη Μνήμη του Εθνομάρτυρος, Συμβόλου του Μικρασιατικού Ελληνισμού, Μητροπολίτη Σμύρνης Χρυσοστόμου, αλλά και των δύο Προκρίτων της Σμύρνης Νικολάου Τσουρουκτσόγλου και Γεωργίου Κλιμάνογλου, οι οποίοι μαρτύρησαν μαζί του την ίδια μέρα, αλλά και όλων όσων χάθηκαν τέτοιες ημέρες το 1922 στην Μικρασιατική καταστροφή, ΔΕΝ ΞΕΧΝΟΥΜΕ.
