Υπηρεσία Δόμησης (Υ.ΔΟΜ.) απέκτησε και η Εκκλησία της Κρήτης με βάση τον πρόσφατα δημοσιευθέντα νόμο 4258/2014 «Διαδικασία Οριοθέτησης και ρυθμίσεις θεμάτων για τα υδατορέματα − ρυθμίσεις Πολεοδομικής νομοθεσίας και άλλες διατάξεις» (ΦΕΚ Α΄ 94/14.4.2014).
Με το άρθρο 12 του νέου νόμου ιδρύεται και στην Εκκλησία της Κρήτης Υπηρεσία Δόμησης, η οποία έχει τοπική αρμοδιότητα για τα Μητροπολιτικά κτίρια, τους Ναούς και τις Μονές της Εκκλησίας της Κρήτης, των Ιερών Μητροπόλεων του Οικουμενικού Πατριαρχείου στη Δωδεκάνησο και της Πατριαρχικής Εξαρχίας της Πάτμου.
Η ρύθμιση της νέας Υπηρεσίας ακολουθεί τα πρότυπα της Υπηρεσίας Δόμησης της Εκκλησίας της Ελλάδος, η οποία συστάθηκε με τον Νόμο 4178/2013 (άρθρο 53).
Πριν από την έκδοση έγκρισης δόμησης θα διατυπώνεται γνωμοδότηση επί των αρχιτεκτονικών σχεδίων του οικοδομήματος. Για τον λόγο αυτό συστήνεται στην Εκκλησία της Κρήτης «Συμβούλιο Εκκλησιαστικής Αρχιτεκτονικής Κρήτης και Δωδεκανήσου», γνωμοδοτικό όργανο που είναι αρμόδιο για την διατύπωση εισήγησης επί των αρχιτεκτονικών σχεδίων των παραπάνω κτιρίων. Ακολούθως θα εκδίδεται η «έγκριση δόμησης» από κεντρική υπηρεσία του Υπουργείου Περιβάλλοντος (ΥΠΕΚΑ) την Διεύθυνση Οικοδομικών και Κτιριακών Κανονισμών (Δ.Ο.Κ.Κ.). Τα μέλη του Συμβουλίου (εκτός των εκπροσώπων του ΥΠΕΚΑ και του ΤΕΕ) διορίζονται από την Ιερά Επαρχιακή Σύνοδο της Εκκλησίας Κρήτης, κατόπιν σύμφωνης γνώμης του Οικουμενικού Πατριαρχείου, με διετή θητεία, η οποία δύναται να ανανεώνεται.
Τέλος, την άδεια δόμησης θα εκδίδει η Υπηρεσία Δόμησης της Εκκλησίας της Κρήτης. Για να ξεκινήσουν όμως οι οικοδομικές εργασίες η άδεια δόμησης πρέπει να συνοδεύεται και από «άδεια χρήσης» του οικοδομήματος, την οποία επίσης εκδίδει η Υ.ΔΟΜ. της Εκκλησίας της Κρήτης και μπορεί να ενσωματώνεται στο στέλεχος της άδειας δόμησης.
Οι ιδιωτικοί Ναοί δεν εμπίπτουν στην αρμοδιότητα της Υπηρεσίας Δόμησης, αλλά στην αρμοδιότητα των Υ.ΔΟΜ. των τοπικών Δήμων. Απαγορεύεται όμως η υποβολή φακέλου στην Υ.ΔΟΜ. οποιουδήποτε Δήμου για την ανέγερση ιδιωτικού Ναού χωρίς την σύμφωνη γνώμη του επιχωρίου Μητροπολίτου.
