Την ίδρυση Τμήματος Ισλαμικών Σπουδών στη Φιλοσοφική ή την Παιδαγωγική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, είτε στο Πανεπιστήμιο της Κομοτηνής, αντί της λειτουργίας της “Εισαγωγικής Κατεύθυνσης Μουσουλμανικών Σπουδών”, εντός του Τμήματος Θεολογίας του ΑΠΘ, πρότεινε ο μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Άνθιμος, επισημαίνοντας ότι στο πλαίσιο αμοιβαιότητας θα πρέπει ως “ανταλλαγή” να επαναλειτουργήσει και η Θεολογική Σχολή της Χάλκης.
Όπως διευκρίνισε, προτείνεται μία ανταλλαγή, μία αμοιβαιότης, ότι δηλαδή θα λειτουργήσει η Σχολή της Χάλκης και θα λειτουργήσει και εδώ το Τμήμα Ισλαμικών Σπουδών, το οποίο δεν θα είναι μέσα στον χώρο του Πανεπιστημίου, θα είναι όμως σε κτίριο του Πανεπιστημίου, εκτός του κέντρου.
Ο μητροπολίτης διατύπωσε την αντίθεσή του στη λειτουργία Τμήματος Ισλαμικών Σπουδών εντός της Θεολογική Σχολής, επισημαίνοντας ότι “δεν είναι δυνατόν να συνυπάρξει η Ορθόδοξη Θεολογία με το Ισλάμ” και εκφράζοντας ανησυχία για το ενδεχόμενο επεισοδίων μεταξύ φοιτητών εντός της Σχολής.
Ο κ. Άνθιμος εκτίμησε ότι, αν τελικά λειτουργήσει η Κατεύθυνση στο Τμήμα της Θεολογικής του ΑΠΘ, ίσως να μην υπάρξει ενδιαφέρον από τη μεριά των σπουδαστών, καθώς, όπως είπε, αυτό θα εξαρτηθεί από τον χώρο της Κομοτηνής, όπου είναι η έδρα τους και οι πνευματικοί τους πατέρες, αν αυτοί δε δώσουν εντολή, δε θα ρθει κανένας.
Ο μητροπολίτης γνωστοποίησε ότι γίνεται προετοιμασία για μία σύναξη, “που θα είναι ειρηνική και ευπρεπής”, κατά την οποία καθηγητές της Θεολογικής και Φιλοσοφικής Σχολής αλλά και επιστήμονες εκτός του χώρου θα παρουσιάσουν δεδομένα, στοιχεία και επιχειρήματα “ότι δε μπορεί να γίνει μία τέτοια συνύπαρξη στην καρδιά της Θεσσαλονίκης, στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο, που έχει μία τέτοια μεγάλη παράδοση, για τη δημιουργία χώρου διδασκαλίας του Ισλάμ”.